Estas zonas protegidas abarcan gran parte de las sierras y valles del Geoparque. Desde Alía a Peraleda de San Román o desde Berzocana a Castañar de Ibor, quedan incluidos los valles de Santa Lucía, Almonte, Viejas, Ibor, Gualija y Guadarranque. En el sinclinal del Guadarranque-Gualija encontramos también una divisoria de aguas, ya que en este valle nacen dos ríos que discurren en sentido contrario. El río Gualija desemboca en el Tajo y el río Guadarranque en la cuenca del Guadiana.
Peraleda de San Román sería el mejor acceso al abrupto valle del Gualija, a través de una pista que pasando junto a la Mina Marialina, llega y cruza este curso de aguas. Ya al otro lado del río encontramos una amplia zona con rocas marmóreas, denominada Parralejo, que es rica en vegetación basófila, destacando los jarales de jaras blanca (Cistus albidus), coscojas (Quercus
coccifera) y numerosas orquídeas (con abundancia de especies de los géneros
Ophrys y Anacamptis).
Finalmente, no podemos olvidar que en la zona de Berzocana están los denominados Canchos de las Sábanas, imponentes cuarcitas con fuerte buzamiento (inclinación) y gran riqueza de icnofósiles. Junto a ellos existe un Jardín Botánico con especies representativas de la vegetación villuerquina. Y en la cumbre de esta zona, el Risco Gordo (1263 m) es un magnífico punto para la observación de aves así como del relieve Apalachense característico de estas serranías.
