Situada a una jornada a pie de Guadalupe, Villar del Pedroso era parada obligada para los peregrinos que llegaban al real santuario desde el norte. Por ello, el viejo templo consagrado a San Pedro Apóstol, que ya existía en el siglo XIII, se ganó el favor de lugareños y forasteros, ampliándose y enriqueciendo su patrimonio. Gracias a ello hoy podemos contemplar una magnífica expresión del arte del retablo a lo largo de diversas épocas y materiales.
El edificio, tal y como se conoce hoy, es fruto de la reedificación de inicios del siglo XVI. De la estructura primitiva quedan solo los restos de la espadaña que se pueden ver en la torre de la iglesia. El resto de la configuración del templo tendría su origen en la remodelación posterior, siguiendo el esquema típico del reinado de los Reyes Católicos: capilla mayor poligonal y coro en alto. El espacio interior de la iglesia está dividido en tres naves, sin crucero, de las cuales la central es mucho mayor que las dos laterales. La capilla mayor está cubierta con bóvedas de crucería, en la central con terceletes -nervios de las bóvedas complejas, típicos del gótico tardío- y en las laterales con crucería simple. Anejas a la capilla mayor existen dos sacristías.